Les ressources de la HAS s'élèvent à 67,3 M€ pour l'année 2011. Elles sont constituées par des subventions à hauteur de 91% (État 11,98%, CPAM 39,37%, ACOSS 39,72%), les ressources propres de la HAS proviennent de taxes sur les médicaments et les dispositifs médicaux (6,1%).