Séquençage haut débit ciblé d’un panel de gènes dans la prise en charge médicale des tumeurs stromales gastro-intestinales - Actualisation d'avril 2025

Actualisation d’avril 2025 : la HAS publie ce jour une version actualisée du rapport validé par le Collège le 23 mai 2024, qui prend en compte la publication de l’avis de la Commission de la Transparence du 12 février 2025 relatif au remboursement du VITRAKVI[1]. Cette mise à jour élargit l’indication de séquençage et d’analyse des gènes NTRK1/2/3 pour inclure les patients adultes atteints de tumeurs stromales gastro-intestinales pouvant bénéficier d’un traitement selon l’avis de la Commission de la Transparence.

Objectif

L’objectif de cette évaluation a été de déterminer l’intérêt du recours au séquençage haut débit ciblé d’un panel de gènes pour préciser la prise en charge des tumeurs stromales gastro-intestinales (GIST), dans le cadre des soins courants. Il s’agit de définir l’utilité clinique de cet acte, les altérations moléculaires d’intérêt et la place de cette technique dans la stratégie de prise en charge des patients atteints de ces tumeurs.  

Méthode

La méthode utilisée pour la présente évaluation a reposé sur (1) une analyse critique de la littérature synthétique et des opinions professionnelles identifiées par une recherche systématique et sélectionnées sur des critères explicites ; (2) l’identification (a) du niveau de preuve d’actionnabilité clinique des altérations moléculaires établi par la classification ESCAT de l’European Society for Medical Oncology, (b) des avis favorables de la Commission de la Transparence de la Haute Autorité de santé et, à défaut, des décisions d’octroi d’accès compassionnel par l’Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé relatifs aux thérapies ciblées concernées ; et (3) le recueil du point de vue collectif des parties prenantes (organismes professionnels et associations de patients et d’usagers concernés par le sujet), ainsi que des remarques des institutions publiques de santé.

Résultats - Conclusions

Sur cette base, la Haute Autorité de santé estime que l’acte de séquençage haut débit ciblé d’un panel de gènes réalisé chez des patients présentant une tumeur stromale gastro-intestinale est justifié dans les situations suivantes :

• pour le séquençage et l’analyse des gènes KIT et PDGFRA :
  • en cas de tumeurs stromales gastro-intestinales localisées à risque intermédiaire ou à risque élevé de récidive, localement avancées ou métastatiques,
  • en cas de suspicion de tumeur stromale gastro-intestinale chez un patient dont l’histologie s’est avérée non contributive pour poser le diagnostic (cas complexe) ;
• pour le séquençage et l’analyse des gènes NTRK1/2/3 (ARN) :
  • en cas de tumeurs stromales gastro-intestinales sauvages pédiatriques au stade localement avancé ou métastatique, et réfractaires ou en rechute pouvant bénéficier d’un traitement[2] ;
  • actualisation d’avril 2025 : en cas de tumeurs stromales gastro-intestinales sauvages adultes pouvant bénéficier d’un traitement[3], à savoir les patients adultes atteints de tumeurs stromales gastro-intestinales sauvages ayant une maladie au stade localement avancé ou métastatique, ou pour laquelle une résection chirurgicale risquerait d’entraîner une morbidité sévère, et lorsqu’il n’existe aucune option thérapeutique satisfaisante.

La Haute Autorité de santé estime que le séquençage haut débit ciblé devrait être réalisé sur biopsie tissulaire ou pièce opératoire le cas échéant.

A noter que la recherche et l’analyse par séquençage haut débit ciblé des gènes dont la caractérisation moléculaire conditionne le recours à un traitement disposant d’un accès précoce sera prise en charge par le Référentiel des actes innovants hors nomenclature, comme spécifié par décret[4].

[1] Conformément à l’avis de la Commission de la Transparence du 12 février 2025, VITRAKVI (larotrectinib) [lien].

[2] Conformément à l’avis de la Commission de la Transparence du 9 juillet 2020, VITRAKVI (larotrectinib) [lien] et à l’avis de la Commission de la Transparence du 12 février 2025, VITRAKVI (larotrectinib) [lien].

[3] Conformément à l’avis de la Commission de la Transparence du 12 février 2025, VITRAKVI (larotrectinib) [lien].

[4] Décret n°2024-290 du 29 mars 2024 relatif aux conditions de prise en charge des actes innovants de biologie ou d’anatomopathologie hors nomenclatures.