L’axe A-3 du plan 2011-2014 prévoit l’élaboration de PNDS par les centres de référence et de compétence, à l’aide d’une méthode proposée par la Haute Autorité de Santé (HAS) :

• reposant « sur la recherche des preuves scientifiques et sur la concertation de tous les acteurs concernés » ;
• prenant en compte les recommandations ou protocoles français ou internationaux existants (adaptés au contexte français le cas échéant).

Tout centre de référence souhaitant élaborer un PNDS doit :

• compléter une déclaration d’intention d’élaboration de PNDS puis l’adresser à la HAS ;
• se référer au guide méthodologique HAS 2012 « Méthode d’élaboration d’un protocole national de diagnostic et de soins pour les maladies rares » qui décrit les principes méthodologiques et le processus d’élaboration d’un PNDS. Le guide 2012 actualise le guide « Méthode d’élaboration du protocole national de diagnostic et de soins et de la liste des actes et prestations par le centre de référence d’une maladie rare » publié par la HAS en mars 2006.

Une grille d’évaluation de la qualité méthodologique d’un PNDS est proposée. C’est un outil d’aide à l’élaboration du PNDS, auquel peuvent se référer les centres de référence et de compétence tout au long du projet.

Une fois finalisé, le PNDS ainsi produit  par le centre de référence est mis en ligne sur le site de la HAS mais il ne fait pas l’objet d’une validation par les instances de la HAS. En revanche, la HAS se réserve le droit de procéder ponctuellement et de façon aléatoire (tirage au sort) à l’évaluation de la qualité méthodologique de quelques PNDS, en se référant au guide méthodologique HAS 2012 et à la grille d’évaluation mentionnée ci-dessus (Audit des PNDS).

Le PNDS et son argumentaire scientifique doivent être adressés à la HAS sous un format spécifique. (Format Texte PNDS - Format Argumentaire scientifique PNDS)

Dans un souci de transparence, de prévention et de gestion des conflits d’intérêts, tous les participants à l’élaboration du PNDS (coordonnateur(s), rédacteur(s), membres du groupe de travail) doivent remplir une déclaration d’intérêt. Les déclarations d’intérêts doivent être analysées et prises en compte, en vue d’éviter les conflits d’intérêts, conformément au guide HAS « Guide des déclarations d’intérêts et de gestion des conflits d’intérêts ».